在此之前，朱元璋对最高军事权力的机构已经进行了改组。把大都督府划分为中、左、右、前、后五个都督府，即五军都督府，每个都督府都有一个掌握着一定兵权的都督。这样一来，统领天下兵马的大都督兵权就被瓜分了。每个都督的权力只有原来大都督的五分之一，不足以对皇帝构成威胁。加上五个都督互相制约，互相监督，听命于皇帝，如果一个都督要造反，其他四个将会形成牵制，而要几个都督串联起来要造反，就很不容易。
古稀之年的朱元璋，明显地感到自己的精力差了许多，大白天坐在高高的皇位上，有时候也忍不住要打瞌睡。朕真想休息了，真想好好地休息了！这么想着，1398年，闰五月乙酉这一天，他召来太孙提醒他说：“燕王不可不虑。”
说完这句话，朱元璋带着深深地遗憾，走完了他生命的最后一刻，足足活了整整七十岁。临走前，他最后一次显示了他的残忍与自私，让太孙按他生前的遗愿，将他的四十个嫔妃，除了两个死在朱元璋之前的，其余三十八个年轻鲜活的女人，都被活活的与他的一具僵硬的尸体安葬在一起，为他殉葬。