然而，随着种系发生的提出，新的问题产生了，使人们想从这里沮丧地退缩回去。但是，这是毫无助益的，因为我们必须做出尝试——尽管我们担心它将揭露我们的全部努力的不适当，问题在于：究竟是哪一个，是原始人的自我还是原始人的本我，在他们的早期就从恋父情结中获得了宗教和道德？假如是他的自我，为什么我们不略述一下这些被自我所遗传的东西呢？假如是本我，它是怎样和本我的性格相一致的呢？或者说，我们把自我、超我和本我之间的分化带回到这样早的时期是错误的吗？或者说，难道我们不应该老老实实地承认，我们关于自我过程的整个概念对理解种系发生毫无帮助，也不能应用于它吗？
让我们先回答最容易回答的问题。自我和本我的分化必须不仅要归因于原始人，甚至要归因于更简单的有机体，因为这是外界影响的不可避免的表现方式。根据我们的假设，超我实际上起源于导致图腾崇拜的经验。到底是自我还是本我经验到并且获得了这些东西，这个问题不久就不再有什么意义了。思考立刻向我们表明，除了自我之外，没有什么外部变化能够被本我所体验到或经历过，自我是外部世界通往本我的代表。因此，根据自我来谈论直接遗传是不可能的。正是在这里，实际个体和种系概念之间的鸿沟才变得明显起来。另外，人们一定不要把自我和本我之间的差异看得过分严重，但也不要忘记，自我基本上是经过特殊分化的本我的一部分。自我的经验似乎最初并不会遗传，但是，当这些经验足够经常地重复，并在随后许多代人身上有了足够的强度之后，可以说，就转移到本我的经验中去了，即成为遗传所保留下来的那种印迹。因此，在能被遗传的本我中贮藏着由无数过往自我所导致的存在遗迹；并且当自我从本我中形成它的超我时，它或许只是恢复已经逝去的自我的形象，并且保证它们的复活。