不过，康有为的这些见解是否适当是另一问题，但其对晚清思想的冲击则是相当明显的：第一，清学正统派之立脚点，根本动摇；第二，一切古书，皆须重新检查估价，此实思想界之一大飓风也。显然，《新学伪经考》的价值并不在于学术的层面，它的真正价值主要还是康有为为了给他的变法理论提供一种历史的和哲学的依据。从这个意义上说，我们不能也不必从学术上去与康有为过分较真。
就政治层面而言，《新学伪经考》于1891年正式刊行，立即在中国思想界引起极大的反响。据康有为1917年所作《新学伪经考后序》称，《新学伪经考》初出时，海内风行，上海及各直省翻印五版，徐仁铸督学湖南，以之试士，而攻之者亦群起，朝野哗然。甲午二月，康有为入京会试未第，六月归粤，七月，清廷即下令焚禁《新学伪经考》。戊戌、庚子，又两次奉旨毁版。由此也可见此书在当时的影响。
从思想政治层面反对《新学伪经考》的理由主要是：这部书诋毁前人，煽惑后进，于士习文教大有关系。他们指责康有为以诡辩之才，肆狂瞽之谈，以六经皆新莽时刘歆所伪撰，腾其簧鼓，煽惑后进，号召生徒，以致浮薄之士，靡然向风，从游甚众。此荒谬绝伦，诚圣贤之蟊贼、古今之巨蠹。他们除了咒骂之外，似乎也没有从思想理论层面进行有力的反驳。