镇守澎湖水师总兵官署在妈宫城内，原水师副将署。
左营游击署在妈宫城。
右营游击署在妈宫城。
安平水师副将署在安平镇，乾隆五年，副将王清建。
中营游击署在安平镇。
左营游击署原在安平镇，乾隆五十三年移建鹿港北头，六十年毁，改建于土城内。
右营游击署在安平镇。
艋舺水师参将署在艋舺原淡水营都司署，嘉庆十三年建。
局所
全台团练总局在台南府治，咸丰三年设，自后凡有军事，则开办焉。法人之役，台北亦设，各厅县皆设分局。
培元总局光绪七年，台湾道刘璈改团练总局为培元总局，仍委绅士理之，以办地方公事。法人之役，复为团练。
全台筹防总局一在台北府治，一在台南府治，均光绪十年设，二十年复设。
保甲局各府厅县皆设，无事之时则办冬防。
台湾通商总局在台湾道署，咸丰九年设，以办通商事务。光绪十三年，台北亦设此局，归布政使督办。
全台清赋总局一在台南府治，一在台北府治，均光绪十二年设，各厅县皆设分局，十八年事竣，裁撤。
全台抚垦总局在淡水县辖大嵙崁，光绪十二年设，各地多设分局。
