戊戌变法时期，维新派确实很信任袁世凯，把袁世凯看做是他们的一员。事实上，袁世凯与维新党人的联系的确很密切。甲午战争以后，袁世凯就与维新派核心人物康有为结交。1895 年，在康有为公开上书以后，当时的袁世凯在督办军务处当差，他觉得康有为的公开上书切中时弊，也曾向光绪皇帝上书，提出变法事宜，思想观点和康有为十分接近。1895 年康有为第四次上书，都察院、工部都不予代递，袁世凯曾帮助向督办军务处要求代递。1895 年 9 月，康有为、梁启超组织强学会，定期讲演，印行书刊，介绍西学，制造舆论，聚集力量。袁世凯积极参加强学会，是发起人之一。后来袁世凯被派到天津小站练兵，康有为等为袁世凯设酒饯行，认为袁世凯是和他志向相同的人。袁世凯与维新派建立了联系后，维新派要借重袁世凯的兵力，而袁则想通过维新派的荐举，升官晋爵。
但这种微妙的关系在慈禧太后政变时发生了很大的变化。对维新派的态度，清朝廷内部存在着光绪皇帝和慈禧太后两派势力的矛盾，1898 年 8 月 3 日，光绪皇帝的又一道密诏送到康有为手里，密诏中光绪皇帝以紧迫的语气向康有为叙述了自己的皇位很难保住，慈禧太后随时都会对他下毒手。维新派的几位核心人物聚在一起，捧着皇帝的密诏，痛哭一场后，决定铤而走险实行兵变，包围颐和园，迫使慈禧太后交权。他们商议把实行兵变的希望寄托在袁世凯身上。当夜，谭嗣同秘密赶到袁世凯的驻地法华寺面见袁世凯，袁世凯当面慷慨激昂，答应兵围颐和园，杀掉慈禧太后的心腹荣禄，囚禁或杀掉慈禧太后。