就在此时，江西巡抚沈葆桢恩将仇報，突然停止每月供给曾国藩的4万两军饷。这大出曾国藩的意料，沈葆桢此举如同扎在他心上的一根刺。
气愤之余，曾国藩频繁联系各处，以全力保障曾国荃的供应。接连几天几夜，他睡不着觉，内心愤怒纠缠，但外在反应没有任何失态之处。
经过反思和调整，曾国藩应对此事的态度非常理智平和。幕僚纷纷大骂不已，要求曾国藩马上参奏，但曾国藩没有这样做。
沈葆桢是他提拔的，现在又进行参奏，不仅沈氏脸上不好看，他自己脸上也不好看。况且沈氏用钱也是为公，所争毕竟不过4万两，为数不算太多，随他去吧。
沈葆桢截留军饷一事对雨花台大战没有产生严重影响，主要是因为太平军没有湘军那样坚定的意志力，特别是李秀成部，远没有英王陈玉成部凶悍耐战。
九月初，太平军侍王李世贤，也就是李秀成堂弟，又从浙江调兵来帮助李秀成，两支军队号称80万，再次将曾国荃吉字营团团包围，太平军前锋离湘军营房不过60米。
李秀成命炮兵狂轰，工兵挖掘地道，在营垒下面埋炸药，双管齐下，将湘军防御工事炸毁，工兵也引爆炸药，湘军第一外围工事全部被摧毁，再次冲入营内厮杀。
而此时曾国荃已经修筑好第二道城墙，让湘军抛射火罐、火球、枪炮还击，烧死从地道冲杀进来的太平军，再一次守住了营垒。